發酵前有機肥處理設備的選擇：對于大型養殖場，每天產生水沖糞便達百噸以上，應選擇旋轉滾筒篩分機，處理能力大、效率高；普通小型養殖場，每天水沖糞不足百噸，應選擇螺旋擠壓固液分離機，設備小、一次性投入費用低。對于原料粉碎設備和原料攪拌設備，應根據所添加的物料，選擇對應的設備，根據產能選擇合適的功率與型號。

有機肥發酵方式的選擇：人口密集、土地資源緊張、多雨雪天氣、對環境質量要求較高的地區可選擇塔式發酵；北方人口稀少、干旱少雨、場地廣闊的地方，如內蒙古、東北等地，對環境要求較低的地區可選擇條垛式發酵；人口稀少、場地大的地方，對環境、氣候等要求介于條垛式和塔式之間，可選擇槽式發酵；原料產量變化大、氣候多變、場地廣闊的地方可選擇UTV覆蓋膜發酵。具體的發酵設備根據產能和發酵方式選擇。